과점주주 간주취득세: 지분 51% 인수 시 세액 계산 예시

세무 · 2026-09-22 · 이음 Ieum 팀

지분 51% 취득으로 과점주주가 될 때 간주취득세 과세표준과 세율을 실제 숫자로 계산하고, 설립 시 취득과의 차이를 정리했다.

비상장회사 지분 51%를 인수해 과점주주가 되면 주식을 산 것뿐인데도 취득세, 정확히는 과점주주 간주취득세가 나올 수 있다. 대상회사가 부동산이나 차량, 기계장비 같은 취득세 과세대상 물건을 갖고 있다면 그 물건을 지분비율만큼 취득한 것으로 보기 때문이다. 결론부터 말하면 세율은 2%이고, 대상회사에 과세물건이 아예 없으면 세금도 없다.

과점주주 간주취득세란 무엇인가

지방세법 §7⑤은 법인의 주식·지분을 취득해 과점주주가 된 자는 그 법인이 보유한 부동산등을 취득한 것으로 본다고 정한다. 주식 거래는 원래 취득세 과세대상이 아니지만, 과점주주가 되는 순간만큼은 예외적으로 회사 명의의 부동산·차량·기계장비를 지분비율만큼 취득한 것으로 의제한다. 회사를 통째로 지배할 수 있는 지위를 얻었으니 그 회사 자산에 대한 지배권도 취득한 것으로 보는 논리다.

여기서 과점주주가 누구인지가 먼저 정해져야 한다. 국세기본법 §39 2호는 주주 1인과 그 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식총수의 50%를 초과하면서 그 회사 경영에 대해 사실상 지배적인 영향력을 행사하는 자들을 과점주주로 규정한다. 지분 51%를 혼자 취득했다면 특수관계인 합산 없이도 이 요건을 충족한다.

요건	내용
지분율	본인과 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식총수의 50% 초과
지배력	단순 지분 보유를 넘어 경영에 지배적 영향력을 행사할 수 있는 지위
합산 대상	본인뿐 아니라 배우자·친족 등 특수관계인의 지분까지 합산
판단 시점	주식 취득으로 위 요건이 새로 충족되거나 지분이 늘어난 시점

설립 시 취득과 지분 증가분 과세의 구분

같은 51% 지분이라도 언제, 어떻게 취득했는지에 따라 과세 여부가 갈린다. 지방세법 §7⑤은 법인설립 시 발행하는 주식을 취득해 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않는다는 예외를 명시한다. 설립 단계에서는 회사에 아직 실체가 만들어지는 과정이라 기존 자산을 사들이는 것과 성격이 다르다고 보기 때문이다. 반면 이미 설립돼 운영 중인 회사의 주식을 인수해 새로 과점주주가 되거나, 기존 과점주주가 추가로 지분을 사들여 지분율이 더 늘어나는 경우는 그 늘어난 부분에 대해 과세된다.

실무에서 가장 흔히 헷갈리는 지점이 이 구분이다. 신설법인에 자본금을 납입하고 주식을 배정받는 경우는 과세 제외, M&A로 기존 법인 지분을 사들이는 경우는 과세 대상이라는 원칙을 먼저 세워두면 된다.

구분	상황	과세 여부
설립 시 취득	법인 설립 당시 발행주식을 인수해 51% 확보	과세 제외
기존 법인 인수	이미 운영 중인 법인의 주식을 51% 사들여 처음 과점주주가 됨	취득분 전체 과세
지분 추가 취득	이미 60% 보유한 과점주주가 70%로 늘림	늘어난 10%p만 과세
지분 일시 감소 후 재취득	50% 이하로 내려갔다가 다시 51% 이상으로 회복	회복된 지분에 대해 다시 과세

세율과 세액 계산 — 지분 51% 취득 예시

과점주주 취득에 적용되는 세율은 지방세법 §15②3에 따라 중과기준세율이며, 그 세율은 지방세법 §6 19호에서 1천분의 20, 즉 2%로 정하고 있다. 일반 부동산 취득세율(통상 4% 안팎)과 달리 과점주주 간주취득세는 이 중과기준세율 하나만 적용된다는 점이 핵심이다.

대상회사가 시가표준액 합계 100억원 상당의 부동산·차량·기계장비를 보유하고 있고, 매수인이 이 회사 지분 51%를 취득해 새로 과점주주가 됐다고 가정해 계산해보자.

1단계: 과세표준 계산 — 대상회사가 보유한 취득세 과세대상 물건의 시가표준액 합계 100억원에 취득 지분율 51%를 곱한다. 100억원 × 51% = 51억원이 과세표준이 된다.
2단계: 세율 적용 — 과세표준 51억원에 중과기준세율 2%를 곱한다. 51억원 × 2% = 1억 200만원이 산출세액이다.
3단계: 지분율 변동 시 재계산 — 이후 지분을 65%로 늘리면 늘어난 14%p에 대해서만 100억원 × 14% × 2% = 2,800만원이 추가로 발생한다. 기존 51% 부분은 이미 과세됐으므로 다시 계산하지 않는다.

즉 지분 51% 인수만으로도 대상회사 자산 규모에 따라 별도의 취득세 부담이 발생할 수 있다는 점을 딜 초기 밸류에이션 단계에서부터 반영해야 한다.

과세대상 물건이 없으면 과세되지 않는다 — 실사가 먼저다

위 계산은 어디까지나 대상회사가 부동산·차량·기계장비 같은 취득세 과세대상 물건을 보유하고 있을 때의 이야기다. 대상회사가 사무실을 임차만 하고 있고 별도 등록 차량이나 기계장비도 없다면, 지분 51%를 취득해 과점주주가 되더라도 과세표준 자체가 0이므로 간주취득세는 발생하지 않는다. 세율표를 미리 외우는 것보다 대상회사 재무제표와 등기부·차량등록원부를 먼저 확인하는 편이 실무적으로 더 중요한 이유다.

실사 과정에서 확인할 항목은 다음과 같다.

확인 항목	확인 이유
부동산 등기부등본	토지·건물 소유 여부와 시가표준액을 확인해 과세표준 산정의 기초로 삼는다
차량등록원부	법인 명의 차량이 있으면 취득세 과세대상에 포함되므로 대수와 가액을 확인한다
기계장비 대장	등록 대상 기계장비 보유 여부를 확인해 누락 없이 과세표준에 반영한다
자회사·특수목적법인 보유자산	대상회사가 실질적으로 지배하는 다른 법인에 자산이 있는 구조인지 확인한다

과세표준은 계약서가 아니라 대상회사 자산이 결정한다매매대금이나 지분 인수가액이 아니라 대상회사가 보유한 과세대상 물건의 시가표준액 합계가 과세표준이 된다. 인수가격이 낮아도 대상회사에 부동산이 많으면 간주취득세는 그와 무관하게 발생할 수 있다.

마치며

과점주주 간주취득세는 지분 51% 취득이라는 거래 형태 자체보다 대상회사가 어떤 자산을 갖고 있는지에 따라 발생 여부와 금액이 결정된다. 설립 시 취득은 과세 제외, 기존 법인 인수와 지분 증가분은 과세 대상이라는 구분을 먼저 세우고, 실사 단계에서 부동산·차량·기계장비 보유 현황을 확인해 과세표준을 미리 추정해두는 것이 딜 클로징 전 세금 리스크를 줄이는 방법이다.

이 작업, 직접 하지 않아도 됩니다

대상회사의 부동산·차량·기계장비 보유 현황을 확인하는 과정에서 생기는 질문과 후속 요청은 요청·Q&A 기능으로 한 흐름에 모아 추적할 수 있다. 등기부등본, 차량등록원부, 기계장비 대장 같은 실사 문서는 데이터룸에서 폴더 단위 권한을 나눠 필요한 담당자에게만 열람 권한을 주며 관리할 수 있다.

일반적인 실무 정리이며 개별 거래의 법률·세무 자문을 대체하지 않습니다.

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