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주식양도소득세 세율 2026, 대주주·중소기업 구간별 계산

세무 · 2026-09-18 · 이음 Ieum 팀

주식양도소득세 세율은 대주주 여부·중소기업 여부·보유기간에 따라 10%~30%로 갈립니다. 30억원 매각 사례로 실제 세액을 계산해 봅니다.

주식을 팔 때 적용되는 주식양도소득세 세율은 하나로 정해져 있지 않습니다. 파는 사람이 대주주인지, 회사가 중소기업인지, 주식을 얼마나 오래 보유했는지에 따라 10%부터 30%까지 달라지고, 여기에 증권거래세와 지방소득세가 별도로 붙습니다. 아래에서 조합별 세율을 표로 정리하고, 양도가액 30억원 매각 사례로 실제 부담 세액을 단계별로 계산해 보겠습니다.

대주주 여부와 중소기업 여부, 두 축으로 갈리는 세율

주식양도소득세율을 이해하려면 먼저 두 가지 질문에 답해야 합니다. 첫째, 파는 사람이 세법상 대주주에 해당하는가. 둘째, 발행회사가 중소기업에 해당하는가. 대주주 해당 여부는 지분율과 시가총액 등을 기준으로 판단하는데, 구체적인 판정 기준은 거래마다 확인이 필요합니다.

소득세법 §104①11가는 대주주가 양도하는 경우를, §104①11나는 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우를 규정합니다. 실무에서는 이 구분이 세액 차이를 몇 배씩 벌리기 때문에, 매각 전에 자신이 대주주에 해당하는지부터 확인하는 것이 계산의 출발점입니다.

대주주 1년 미만 보유, 왜 30%로 가장 높은가

대주주가 중소기업 외 법인 주식을 1년 미만 보유하고 양도하면 세율이 30%로 뛰어오릅니다. 단기 매매를 억제하는 구조인데, 지분 인수나 구조조정으로 취득 시점이 최근인 경우 이 구간에 걸릴 수 있어 미리 점검이 필요합니다.

• 2025년 10월 취득한 대주주가 2026년 8월 매각하면 보유기간 1년 미만이라 30% 세율입니다.
• 취득일이 2025년 6월이었다면 1년 이상 구간으로 넘어가 20%~25% 구간을 받았을 수 있습니다.
• 보유기간은 등기·명의개서일 기준이므로, 자금 지급일과 명의이전일이 다르면 어느 날짜가 기준인지 확인이 필요합니다.

1년이 지난 뒤에는 중소기업 외 법인이라도 과세표준 3억원 이하분은 20%, 초과분은 6천만원에 초과액의 25%를 더해 계산합니다. 매각 시점을 며칠 조정하는 것만으로 세율 구간이 달라질 수 있습니다.

대주주가 아닌 소액주주는 10%·20%로 단순

대주주에 해당하지 않는 소액주주는 보유기간을 따지지 않고 세율이 두 단계로만 나뉩니다. 회사가 중소기업이면 10%, 아니면 20%입니다. 누진 구조가 없어 계산이 단순합니다.

M&A 실무에서는 소수 지분을 보유한 임직원이나 초기 투자자가 이 구간에 해당하는 경우가 많습니다. 대주주와 소액주주가 같은 매각 건에 섞여 있으면 주주별로 다른 세율을 적용해야 하므로, 지분율과 보유기간을 각자 따로 정리해 두어야 합니다.

30억원 매각 사례로 보는 실제 세액

대주주가 중소기업 외 법인의 주식을 1년 이상 보유하다가 양도가액 30억원에 매각하고, 취득가액이 10억원이라 과세표준을 20억원으로 놓고 계산해 보겠습니다.

1. 3억원 이하 구간: 20% 적용 → 6천만원.
2. 3억원 초과 구간: 20억원 - 3억원 = 17억원, 25% 적용 → 4억 2,500만원.
3. 소득세 합계: 6천만원 + 4억 2,500만원 = 4억 8,500만원.
4. 지방소득세: 소득세액의 10% → 4,850만원.
5. 소득세·지방소득세 합계: 5억 3,350만원.

여기에 증권거래세가 별도로 붙습니다. 양도가액 30억원에 0.35%를 곱하면 1,050만원입니다. 최종 세금 총액은 5억 3,350만원 + 1,050만원 = 5억 4,400만원입니다. 취득가액이나 과세표준이 달라지면 결과도 달라지므로, 실제 거래에서는 취득가액·필요경비 자료를 먼저 확정한 뒤 같은 방식으로 대입하면 됩니다.

증권거래세와 지방소득세, 놓치기 쉬운 별도 부담

양도소득세만 계산하고 끝내면 실제 납부액을 과소평가하게 됩니다. 증권거래세법 §8①에 따라 세율은 1만분의 35, 즉 0.35%이며 양도가액을 기준으로 부과됩니다. 양도소득세와 달리 이익이 났는지 여부를 따지지 않고, 손실이 나서 양도소득세가 0원이더라도 증권거래세는 그대로 부과됩니다.

여기에 더해 앞서 계산한 양도소득세액의 10%가 지방소득세로 추가 부과됩니다. 30억원 매각 사례에서 본 것처럼 전체 세액의 일부를 차지하는 만큼 세액 시뮬레이션 단계에서 빠뜨리면 안 됩니다.

비상장주식 예정신고, 부동산과 신고기한이 다릅니다

주식을 양도한 뒤 세금을 언제까지 신고해야 하는지도 부동산 양도와 기준이 다릅니다. 소득세법 §105①2에 따라 비상장주식 양도의 예정신고 기한은 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내입니다. 부동산의 "양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월"과는 계산 단위 자체가 다릅니다.

부동산 양도라면 즉시 2개월 안에 신고해야 하지만, 비상장주식은 반기 말일 이후부터 2개월을 세는 방식이므로 반기 초에 매각했다고 신고를 미루면 기한을 넘기기 쉽습니다. 매각일을 확인한 뒤 반기 말일과 신고기한 두 날짜를 함께 표시해 두는 것이 안전합니다.

마치며

주식양도소득세 세율은 대주주 여부, 중소기업 여부, 보유기간이라는 세 가지 조건의 조합으로 정해지며, 여기에 증권거래세 0.35%와 지방소득세 10%가 별도로 얹힙니다. 매각을 계획한다면 자신이 어느 구간에 속하는지부터 확인하고, 30억원 사례처럼 단계별로 세액을 대입해 실제 수취 금액을 미리 가늠해 두는 것이 좋습니다.

이 작업, 직접 하지 않아도 됩니다

대주주 여부 판단이나 취득가액 확인처럼 실사 과정에서 나오는 질문과 근거 자료는 요청·Q&A 기능으로 한 흐름에 모아 추적할 수 있습니다. 매각 협상부터 세액 계산, 신고기한 관리까지 이어지는 여러 단계는 딜 파이프라인에서 단계별로 정리해 팀이 함께 진행 상황을 확인할 수 있습니다.

일반적인 실무 정리이며 개별 거래의 법률·세무 자문을 대체하지 않습니다.

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